这成了他数十年职业生涯中为数不多的污点之一。后来，他在回忆录中地写道，“SG(Secretary-General)代表的不是秘书长，而是替罪羊(Scape Goat)。”

　　这段痛苦的记忆，深刻地改变了安南的世界观。

　　他不止一次地为自己辩解过，最终还是在大屠杀纪念馆的无数个头骨面前承认，“在那个邪恶的时刻，世界辜负了卢旺达”，“全世界都必须为这次失败深深忏悔”。

　　1996年12月，联合国秘书长竞选陷入僵局，安南在美国支持下被扶上“宝座”。但当选仅几分钟后，他就明确表态，发誓绝不会成为美国的傀儡。正式上任后第一个月，他亲自访问华盛顿向克林顿讨债，敦促美国尽早补交拖欠的13亿美元会费，借此向世人证明自己不是美国手中的一颗棋子，任其随意摆布。

　　他治下的联合国，致力于通过外交干预减轻人类痛苦，消除贫困，抵抗艾滋病，降低儿童死亡率，改善孕产妇健康，减少全球不平等，“前所未有地关注改善每个人的生活条件”。

　　2001年，他被授予诺贝尔和平奖，以表彰他给联合国带来“新生命”，为建设一个更有秩序、更和平的世界所作出的努力。他在获奖感言中说，“大国的责任是为世界人民服务，而不是主宰世界人民”。

　　安南担任秘书长的10年，也是联合国角色发生根本转变、声誉空前提升的10年。正如联合国现任秘书长安东尼奥·古特雷斯所说，在某种程度上，“科菲·安南就是联合国”。

　　2003年3月，美国不顾联合国反对，发动伊拉克战争，安南没能阻止这场战争，成了他一生中最大的遗憾，“我身体里的每条纤维都认为这是错的”。

　　战火燃起的同时，那个曾在美伊两国间极力斡旋的声音突然消失了。医生检查身体没有找到任何问题，宣布“这完全是心理问题导致的疾病”。此后两年里，他在会议中只能低声说话，保镖随时准备着止咳药水。

　　这次失声，似乎预示了安南即将踏入漫长的人生低谷。

　　同年3月，22名联合国官员在巴格达遭遇人肉炸弹袭击丧生。次年11月，安南的独子科乔被曝从伊拉克“石油换食品”计划中牟取私利。联合国驻刚果维和部队被控性侵未成年人，瑞士也开始调查是否有人为翻新联合国日内瓦总部大楼而行贿。整个联合国“丑闻缠身，支离破碎”，士气大受影响，美国方面强烈要求安南辞职。

　　身为秘书长和父亲的双重痛苦，终于将安南坚冰般的平静外壳撬开了一丝缝隙。

　　那段时间，他一直郁郁寡欢，无法掩饰自己的痛苦，“极度沮丧和忧郁”。一位著名外交官和安南的支持者告诉《纽约杂志》，他看起来满心烦恼，心不在焉，变得越来越孤僻。员工则抱怨说，他总是花很长时间才能作出决定。有一次在伦敦会见托尼·布莱尔和康多莉扎·赖斯，人们注意到他以往挺直的肩膀垂了下来，双手紧张得发抖。

　　他不再频繁出入纽约上流社会的晚宴，“没有心情社交”。他周末的时间大多在萨顿广场的官邸度过，偶尔去教堂做礼拜，或是去中央公园散步。妻子娜内·拉格尔格伦提起，他甚至悄悄谈起了退休计划，打算去加纳买农场或在欧洲买房子。

　　“我想过了，辞职是一条捷径。我和娜内可以过上美好的生活，旅旅游，生活在我梦想的农场里，”他坐在联合国大厦38层办公室漂亮的大落地窗前，脸上露出疲惫的微笑，“没有人必不可少。”